Pengelolaan Sumber Daya Air Provinsi Sulawesi Tenggara dilaksanakan oleh dua bidang yaitu : Bidang Pelaksanaan Jaringan Pemanfaatan Air (PJPA) dan Bidang Pelaksanaan Jaringan Sumber Air (PJSA) yang merupakan dua bidang dalam struktur kedinasan Sumber Daya Air dan Bina Marga Provinsi Sulawesi Tenggara yang terbentuk oleh Surat Keputusan Gubernur Nomor 58 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Dinas Sumber Daya Air dan Bina Marga Provinsi Sulawesi Tenggara